区别在于南昌西站以高铁、动车为主，普铁为辅；南昌站以普快为主，兼顾少量动车始发终到运营业务。两站的建造年代不同，决定了彼此的格局不同。
南昌火车站建设于1935年，当时中国的普铁网刚刚启动，当年的南昌只是相当今的一个县城，城市人口总量只有20多万，根本没有想到这个火车站，在几十年后每天会有过万的人流量，火车站房当初只是按每天不过3千的人流量设计，也就有了今天看来的车站限于小格局。
在随后的几十年里，南昌站随着城市的拓展有了人流量的不断攀升，南昌火车站经历了多代站房扩建，也就有了站房格局上的错位拼接，于是，让南昌火车站的形象，没有摄影图上那么简洁明亮；在事实上，南昌火车站被不同年代不同风格的人，有了设计上的拼装组合，弄得整个南昌站既乱杂又不方便。
好在2016~2017年，南昌火车站有了重修和扩建上的大格局，改造后的东西站房分别投入使用，并于2020年1月尾，让南昌站东广场启用，才有了车站焕然一新的局面。相对过去老站形象有了脱胎换骨，相对其他大城市老站，只是适应了同步的历史潮流。
正因为南昌站在城区，站房扩建面积有限，南昌站西站房改造完工后候车总面积增加至将近1.8万平方米，可容纳1.5万名旅客同时候车；同时开通了进站通道(方便进出人流)。但进站的铁路线扩增有局限，站台规模达到了7台16线，已经到了极限值。
南昌西站作为新站，建站时有了偏僻地点无限占地优势，才有了近26万平方米的站房(加广场)面积，大出了老站面积的10几倍。还有12台26线的站车规模，可接纳每小时进出站8千人。
正是因为南昌西站用地没有了局限，也就忽视了建设工程“向地下要面积”的闹市区用地思维，让西站的地下停车场建设得太小。以至很多开车到过西站的人，有了差评之声！比如某人微博留言：进南昌西站，我开车下去找了近二十分钟，都没找到停车位，出来还等了七八分钟，因手动挡上坡路起步慢(并非我的慢行而影响到出地库时间，而是尾随于前面的，还有十几辆车也在依次等待），我还被后面的人指责了两次…从这个本地司机的怨言中，可以看到西站的目前不足点。
随着南昌西站配套设施建设的完善，地铁对接西站口的完善，西站地下停车场的扩大完善，将来进出西站才会达到便捷
