1、乌鲁木齐站和乌鲁木齐南站位置不同。乌鲁木齐站，是兰新高速铁路的西端终点，是新疆最大的综合交通枢纽、铁路客运集散地。车站地址：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市经济技术开发区。乌鲁木齐南站位于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市沙依巴克区。
2、等级和归属不同乌鲁木齐站，为特等站，隶属于中国铁路乌鲁木齐局集团有限公司。乌鲁木齐南站，原乌鲁木齐站；
2014年9月1日正式更名为乌鲁木齐南站，是中国铁路乌鲁木齐局集团有限公司管辖的一等站。
3、布局与作用不同乌鲁木齐站车站布局9台18线16站台面，途径主要线路有兰新高速铁路、兰新铁路、北疆铁路。乌鲁木齐南站现共有5个站台，包括一个侧式站台、四个岛式站台，其中，东侧的两个岛式站台及一个侧式站台供兰新铁路和北疆铁路使用，西侧的两个岛式站台供兰新高铁使用。乌鲁木齐南站主要办理由乌鲁木齐站始发，经过乌鲁木齐南站，发往喀什、哈密、库尔勒等南疆东疆城市的火车的客运业务，是南疆之星城际列车始发站，也是兰新高铁的主要经过车站。同时也有发往哈萨克斯坦阿拉木图和阿斯塔纳的国际联运旅客列车。
