地理位置不同。珠海站位于中国广东省珠海市香洲区拱北街道昌盛路5号，明珠站位于中国广东省珠海市明珠北路。站台规模不同，珠海站站场规模为5台8线 ，明珠站的站场规模为两台两线。
途经线路不同 ，珠海站途经线路为广珠城际铁路和珠机城际铁路。珠海站为广珠城际铁路，诸暨城际铁路的起止站点，是珠海重要的客运枢纽站。明珠站 ，为广珠城际铁路的中间站。 珠海在始建于2009年 ，于2020年8月19日珠机城际铁路珠海站完工。明珠在于2009年始建，于2012年12月31日正式开通营运。
明珠站与珠海站的位置不同，珠海站位置与拱北口岸相邻，是所有城轨的始发站，明珠站位置在珠海站的西北方向，与珠海站相距约七公里左右，不是所有动车都停的站点。
