一、车站地址不同
1、昆明南站
位于昆明市呈贡区吴家营街道白龙潭山脚之西。
2、昆明站
位于昆明市官渡区北京路1号。
二、车站规模不同
1、昆明南站
截至2021年2月，昆明南站总建筑面积为33.47万平方米。站台规模：16台30线。
2、昆明站
截至2021年12月，昆明站总建筑面积25000平方米。站台规模：9台14线。
三、主要线路不同
1、昆明南站
主要线路：沪昆高速铁路、南昆高速铁路、昆玉城际铁路
2、昆明站
主要线路：沪昆铁路、成昆铁路、南昆铁路。
交通枢纽不同。昆明南站，位于中国云南省昆明市，是中国铁路昆明局集团有限公司管辖的一座车站，是中国西部地区大型综合性交通枢纽之一、国家一带一路规划中辐射东南亚的重要基础设施，也是云南省五网建设中路网的重要交通枢纽。
昆明站，位于中国云南省昆明市，是中国铁路昆明局集团有限公司管辖的一等站，是沪昆铁路、成昆铁路、南昆铁路交汇的重要交通枢纽站点。
昆明南站是近年新建高铁火车站，地点在昆明星贡新区。昆明站是原来昆明火车南站，建于60年代，位于昆明市区。
