京九线经过的城市有：北京、商丘、南昌、东莞、深圳、香港。
具体经过的地区为：北京。河北的固安、霸州、文安、 任丘、肃宁、饶阳、深州﹑衡水、枣强、清河城。山东的临清、聊城、阳谷、梁山、郓城、鄄城、菏泽、定陶、曹县。河南的台前、商丘、淮滨、潢川、新县。安徽的亳州、阜阳。湖北的麻城、黄州、浠水、蕲春、武穴。
江西的九江、德安、共青城、永修、南昌、丰城、樟树、新干、峡江 、吉安、泰和、兴国、赣州、信丰、龙南、定南。广东的和平、龙川、河源、惠州、东莞、深圳。香港的新界、九龙。
京九铁路连接北京——香港九龙，途经京、冀、鲁、豫、皖、鄂、赣、粤9省市和香港特别行政区，是一条南北干线，对于缓解南北铁路运输的紧张状况起重要作用。京九铁路沿线穿行地区有平原和丘陵，尤其是南段几乎全部在江南丘陵和两广丘陵中穿行，这给铁路施工带来了严峻挑战，除此之外在大别山区还绕开了崎岖地形，促进老区经济的同时，减小了工程难度。
经过东莞石龙，常平后下到深圳
