不经过杭州火车东站，杭州地铁1号线、4号线经过杭州火车东站 杭州地铁5号线西起老余杭，经仓前街道（余杭区）、三墩街道、浙大紫金港、申花（西湖区）、桥西、拱宸桥街道（拱墅区）、运河商贸中心、石桥街道、东新街道、和平广场（下城区）、艮山门、经建国路至城站火车站枢纽，再沿江城路转望江门（上城区）、雄镇楼、至飞云江路口，经隧道过江，至滨江区江南大道，沿长河路至长河街道（滨江区），再转向滨康路、新汽车南站，沿金城路、人民广场（萧山区），至杭州火车南站枢纽，往东至新街镇，并预留瓜沥组团轻轨接口。 杭州4号线：长度20.5公里。北边在火车东站与1号线形成双向同站台换乘，向南经新塘路、沿富春路到钱江新城城市中心与2号线形成单向同站台换乘，往南预留了延伸至富阳的条件。该线是城市轨道线网中的次干线，连通了1、2等线路，提供多个换乘机会，便于把主干线上的客流运送到更远的地区，并对钱江新城区域加强服务。另外，它还连接了火车东站和汽车南站等对外交通节点。 1号线站点 1.湘湖站：位于湘湖北侧，紧临湘湖旅游度假区，风情大道与湘西路路口。 2.滨康路站：位于滨安路、滨康路与西兴路围合的三角地块内，规划汽车南站旁。 3.西兴站：位于规划阡陌路与现状江陵路、滨安路、西兴青年路围合地块内。 4.滨和路站：位于江陵路与滨和路路口。 5.江陵路站：位于江南大道与江陵路路口，武警浙江省总队杭州医院旁。 6.富春路站：位于富春路与婺江路路口，杭州市开元中学旁。 7.婺江路站：位于秋涛路与婺江路路口。 8.城站站：位于城站火车站站前广场和西湖大道东端交界区域。 9.定安路站：位于西湖大道与定安路路口东侧。 10.龙翔桥站：位于平海路和延安路路口北侧。 11.凤起路站：位于延安路与凤起路路口南侧。 12.武林广场站：位于武林广场东北角。 13.西湖文化广场站：位于西湖文化广场东侧，中山北路与文晖路路口南侧。 14.打铁关站：位于东新路与打铁关新村北侧规划道路路口，备塘河南侧。 15.闸弄口站：位于文晖路与机场路路口。 16.火车东站站：位于火车东站场站下。 17.彭埠站：位于规划彭埠路与现状钱潮路路口。 18.七堡站：位于地铁七堡车辆段南侧，建华路北侧。 19.九和路站：位于九和路与红普路路口东侧。 20.九堡站：位于九和路与杭海路路口。 21.客运中心站：位于金沙大道北侧、杭州市公路客运中心站南侧。 22.下沙西站：位于月雅路（暂用名）与幸福南路之间的金沙大道段。 23.下沙站：位于金沙大道与海达南路路口。 24.下沙东站：位于星河北路（暂用名）与下沙1号大街之间的金沙大道段。 25.下沙高教园西站：位于下沙2号大街与文泽路路口。 26.下沙高教园东站：位于文海南路与学府街（暂用名）路口。 27.云水站：位于下沙25号大街（暂用名）与6号大街路口。 28.下沙临江站：位于下沙25号大街（暂用名）与14号大街（暂用名）路口。 29.乔司南站：位于规划稼东路中央绿化带内，现乔司镇三角村。 30.乔司站：位于01省道中央隔离带内，共和路南侧。 31.临平南站：位于01省道中央隔离带内，海王路北侧。 32.余杭高铁站:位于迎宾路西侧，沪杭甬高速公路北侧。 33.南苑站：位于迎宾路、望梅路、临东路路口，临平副城城标西南侧。 34.临平站：位于世纪大道与迎宾路路口。
杭州地铁5号线起点在萧山区姑娘桥站，经滨江区，上城区，拱墅区，西湖区，终点站目前止于余杭区金星站，目前有38座车站，与多条地铁线可以换乘。
5号线萧山姑娘桥站可与绍兴市地铁1号线换乘。
5号线经过杭州火车南站，杭州火车站，经过杭州火车东站的有地铁1号线和4号线。
