南通西站和南通站不是一个地方。南通站主要办理的是宁启、沪通、盐通、通苏嘉甬以及北沿江铁路始发终到车。南通西站主要办理经过宁启线、沪通线和沿海高铁通道的列车。南通站地理位置在中国江苏省南通市崇川区永兴大道，是由中国铁路上海局集团有限公司管辖的铁路车站，也是宁启铁路的中间站。南通站从2002年10月开工建设。
2016年，南通站正式开行动车组列车。在2020年开通了从沪苏通长江公铁大桥至上海的城际列车。南通西站地理位置在中国江苏省南通市通州区，是中国铁路上海局集团有限公司管内铁路车站。
2019年，南通西站开始建设。
2020年开始通车投入使用。
这两个站的区别在于，南通西站是高铁站，全部是高铁和快车到那个站的。而且南通西站途径的高铁比较多。南通站基本上以慢车为主。
一个是火车站一个是汽车站，南通站是火车站而南通西站是长途汽车站，所以说二者是有本质上的差别一个是火车站一个是汽车站
南通站，有高铁也有动车也有绿皮火车。南通西站只有高铁和动车，南通站是比较老的一个火车站，里面设施也都很老了，南通西站是新开的一个站，里面设施都很好。
南通站位于老城区，是普通火车和动车都有，南通西站位于平潮，在南通最西边，主要运行高铁。
